Οι αλληλεπιδράσεις των φαρμάκων (drug–drug interaction) είναι ένας από τους παράγοντες που σχετίζονται με την έκβαση κάποιας θεραπείας. Ιδιαίτερα, η ανακάλυψη των πιθανών αλληλεπιδράσεων μπορεί να συμβάλει στην πρόβλεψη των ανεπιθύμητων περενεργειών.  Καθώς πολλές αλληλεπιδράσεις δεν παρατηρούνται κατά τη διάρκεια κλινικών δοκιμών, θα ήταν χρήσιμο να προβλεφθούν νέες αλληλεπιδράσεις με τη χρήση της τεχνολογίας. Σε αυτό το πλαίσιο, παρουσιάζουμε μια ολιστική προσέγγιση για την πρόβλεψη αλληλεπιδράσεων φαρμάκων, βασισμένη σε ένα γράφο γνώσης που αντλεί πληροφορίες από τη βιοϊατρική βιβλιογραφία. Με τη χρήση εργαλείων αυτοματοποιημένης επεξεργασίας φυσικής γλώσσας (NLP), εξάγουμε γνώση από βιοϊατρικές δημοσιεύσεις και άλλες βάσεις δεδομένων. Τα αποτελέσματα ενσωματώνονται σε ένα γράφο γνώσης για συγκεκριμένες ασθένειες. Στη συνέχεια, χρησιμοποιούμε μια προσέγγιση μηχανικής μάθησης για τον εντοπισμό αλληλεπιδράσεων μεταξύ φαρμάκων. Δείχνουμε την χρησιμότητα της προσέγγισής μας μέσω δοκιμών σε αλληλεπιδράσεις φαρμάκων για δύο κοινές ασθένειες: τη νόσο του Alzheimer και τον καρκίνο του πνεύμονα.